P. margaritifer có chiều dài cơ thể lớn nhất được ghi nhận là 10,2 cm.[4] Cơ thể có màu nâu sẫm, gần như đen ngoại trừ màu trắng ở toàn bộ đuôi và một phần cuối của vây lưng và vây hậu môn.[15] Kiểu màu nâu/trắng như vậy cũng được biết đến ở 3 loài Pycnochromis khác, là Pycnochromis dimidiatus (đặc hữu của Biển Đỏ), Pycnochromis iomelas (Nam Thái Bình Dương) và Pycnochromis fieldi (Ấn Độ Dương); tuy nhiên phần màu trắng của 3 loài này đều chiếm đến nửa thân sau.[16]

Cá hồng Lutjanus bohar được ghi nhận là có thể bắt chước kiểu hình của P. margaritifer tại Fiji và P. iomelas tại Tuamotu.[17]

Số gai ở vây lưng: 12; Số tia vây ở vây lưng: 12–13; Số gai ở vây hậu môn: 2; Số tia vây ở vây hậu môn: 11–12; Số tia vây ở vây ngực: 16–18; Số gai ở vây bụng: 1; Số tia vây ở vây bụng: 5; Số vảy đường bên: 16–18; Số lược mang: 25–29.[15]